Los Navegantes del Magallanes fueron establecidos por primera vez en 1917 como el equipo Magallanes de Catia, entre sus fundadores aparecen resaltados Juan y Luis Carratú, la familia Fagre y los "turcos" Alberto y Ricardo Salomón, Vicente Issa y Eduardo Kalil. Luego, la Liga Nacional de Béisbol se establece en el año de 1927, por ese motivo el equipo fue puesto en pie ya que se decidió organizar anualmente campeonatos de liga. Magallanes estaba listo para ingresar a su categoría.
El deporte se fue incrementando en el país para dar origen a muchos equipos, entre los más resaltantes aparecen Cervecería Caracas, Pastora, Gavilanes y el Royal Criollos. La mejor época del béisbol en Venezuela estuvo comprendida entre los años 44 y 50, cuando la pasión estalló por parte del público dando a conocer como los equipos más populares a Gavilanes, Magallanes y Cervecería Caracas.
En este periodo el equipo Magallanes participó en ocho certámenes de primera división logró capturar dos títulos y dos subcampeonatos. Don Carlos Lavaud en 1941 compra al equipo y le da una nueva perspectiva, se comenzaban a realizar los navegantes de hoy en día, así, al crearse la Liga Profesional de Béisbol, Magallanes fue uno de cuatro equipos en participar en el primer torneo de 1946. De esta primera época del béisbol organizado de Venezuela, destaca la figura del prominente Magallanero Vidal López.
El equipo dejó de llamarse Magallanes para convertirse en la temporada del 1956 en Oriente y respectivamente luego en Orientales. Fue un nuevo paso para el equipo, un respiro momentáneo para volver en el torneo 1964-1965.Mucho nos da de que hablar el equipo turco "cariñosamente llamado". Magallanes se vino a más para conquistar seis gallardetes, los más sobresalientes en los años noventa contra su rival Caracas, estos se han enfrentado en dos únicas finales y Magallanes ha salido ganador. La última victoria fue en la temporada 2001-2002 Frente a los Tigres de Aragua. Tiene 10 campeonatos y dos Series del Caribe en las ediciones de 1970 y 1979.
